呼和浩特市新城区于1953年11月8日正式命名建立，由清代所建“绥远城”俗称“新城”而得名。
民国二年（1913年），绥远城与归化城合称“归绥县”；民国三年（1914年），撤销将军，改设都统，为特别行政区长官；民国十八年（1929年），改绥远特别行政区为绥远省。改都统为主席，原归化城、绥远城并称“归绥市”。
日伪时期（1937-1945年），将归绥市改为“厚和豪特市”全市设六个镇，当时新城为第五镇。1945年，抗战胜利后，恢复归绥市。
新中国成立初期，全市设六个区公所，新城为第五区；1951年，市任人民政府决定，将新城第五区、火车站六区合并为第一区，改区公所为区人民政府；1953年11月8日，第一区首届人民代表大会召开，经会议通过改“一区”为“新城区”，并将原区所辖除姑子板外的6个村划归郊区管理。1966年，新城区更名“东风区”，区政府改称“东风区革命委员会”，1979，又恢复原名新城区。
1999年，呼市进行区划调整，从新城区划出人民路、大学路（部分）办事处归赛罕区，把原郊区毫沁营、保合少、小井乡、及巴彦镇的5个村、巧报镇的4个村划属新城区；2001年进行并乡建镇，撤销小井乡，合并为保合少乡；2002年毫沁营乡改为毫沁营镇，2006年撤销毫沁营镇改为成吉思汗大街街道、撤销保合少乡设立保合少镇。
2024年4月，内蒙古自治区政府同意批复呼和浩特市新城区、回民区调整行政区划。新城区增设呼伦贝尔北路街道、丁香北路街道、东河街道、万通路街道4个街道、撤销中山东路街道；成吉思汗大街街道更名为大青山街街道。现全区辖保合少镇、东街街道、西街街道、东风路街道、锡林郭勒北路街道、迎新路街道、海拉尔路街道、大青山街街道、呼伦贝尔北路街道、丁香北路街道、东河街道、万通路街道，1个镇11个街道。
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